Az Eötvös Collegiumért Alapítványt 1990-ben Szijártó István igazgató úr, mint alapító kezdeményezésére a Collegium hozta létre. Az első két évtizedben küldetésének megfelelően jelentős támogatást tudott biztosítani, 2010-re azonban a tevékenységi köre, aktivitása fokozatosan beszűkült. Ezért 2014-ben kezdeményeztük az Alapítvány eredeti célok és működés szerinti megújítását (a pályázatok, az ügyintézés gyakorlati szempontjai miatt célszerű, ha az alapítói szándéknak megfelelően a mindenkori elnök a mindenkori igazgatóval azonos) és a közhasznúság visszaszerzését. Ügyvédi segítséggel sikerült elérni  hogy hosszas előkészítő munka után a Fővárosi Törvényszék a 2015. október 7-én kelt végzésében a változtatásokat jogerőre emelte. Az Alapítvány új Kuratóriuma: Csoma Zsigmondné Kovács Mária, Csomós Gyula, Dörnyei Lászlóné, Horváth László (elnök), Gyivicsán Anna, Németh József (titkár), Solymosi László. Az Alapítvány pénzügyeit Noszkó Ilona Éva, a Collegium korábbi gazdasági vezetője felügyeli.

A 2020-as évben az Eötvös Collegiumért Alapítvány 2 328 500 Ft-ból gazdálkodhatott. Pályázati támogatásokat nyertünk: a IX. Természettudományos Tábor megrendezésére a Richter Gedeon Nyrt.-től 300 000 Ft-ot; A Nemzeti Együttműködési Alaptól működési támogatásként (NEA –KK-20-O-M-0088) 1 000 000 Ft-ot. Az alapítványi célok és a főlépcső-korlát megvalósítására magánadományokat kaptunk összesen 1 028 500 Ft. értékben.